Una cláusula hasta ahora desconocida del acuerdo salta a la palestra trayendo con ella la polémica: Microsoft podría denunciar a los desarrolladores y/o usuarios de OpenOffice por infracción de patentes, si así lo creyera oportuno.
El último acuerdo de colaboración entre Sun y Microsoft sorprendió a muchos: las dos compañías son enconadas rivales en varios campos, como el de los sistemas operativos para servidores (Windows 2003 vs. Solaris), las plataformas de programación (.NET vs. Java) o las suites ofimáticas (MS Office vs. StarOffice), pero se comprometieron a colaborar en diversos sectores y a compatibilizar en cierto grado sus productos. No obstante, y si pensamos que no se trata de dos organizaciones filantrópicas si no de dos empresas cuyo objetivo es el de ganar dinero, este pacto no debe sorprendernos tanto, ya que -al menos en teoría- debería ir en el beneficio común de ambas.
Y pese a todo, uno de los puntos del acuerdo que pasó inicialmente desapercibido para la mayor parte del público, está empezando a levantar polémica en la Red. Se trata de un apartado donde se protege a los usuarios de productos de Sun Microsystems de posibles pleitos por parte de Microsoft por infracción de patentes. Esto afectaría a todos aquellos productos de Sun que pudieran contener elementos de compatibilidad con sus homólogos de Microsoft, siendo el caso concreto de la suite StarOffice -que puede leer y escribir documentos con formato propio de MS Word-. Lo más polémico es que esta parte del trato deja al margen a los usuarios de OpenOffice, que podrían ser llevados a tribunal por la multinacional de Redmond en un futuro hipotético...
Por el momento, el tema no pasa de las simples "teorías conspirativas"; así, por ejemplo, algunos aducen que este apartado podría deberse a un pacto tácito entre Microsoft y Sun para forzar a los usuarios a optar por una de las dos alternativas "legales", Office o StarOffice, dejando a los usuarios de OpenOffice en un limbo de inseguridad sobre la legitimidad legal del software que usan. Naturalmente este punto podría afectar más a los usuarios corporativos que a los particulares. Otra teoría adjudicaría a Microsoft la preparación de juicios al más puro estilo RIAA contra los usuarios de OpenOffice. Ambas posturas solamente se mantienen como rumores sin más fundamento que el hecho objetivo de la existencia de tal punto en el acuerdo Microsoft-Sun, natural por otra parte al ser StarOffice un producto propio de Sun y OpenOffice un proyecto desvinculado de ambas compañías aunque cuente con el apoyo oficial de Sun Microsystems.